L’unité Escherichia Coli pathogènes consacre ses travaux à la génétique moléculaire des Escherichia coli pathogènes pour l’homme et/ou l’animal. Les E. coli pathogènes sont des bactéries de prédilection pour une étude dans le cadre du « concept One-Health, une seule santé ». En effet, on les retrouve à la fois dans l’environnement, chez l’animal, notamment les ruminants, dans de nombreux aliments (viande, produits laitiers, végétaux, eaux) où ils sont à l’origine de toxiinfections alimentaires, et bien sûr chez l’homme. Ils peuvent provoquer des troubles allant de la simple diarrhée aqueuse au syndrome hémolytique et urémique (HUS).

L’objectif principal de l’unité est de contribuer à une meilleure caractérisation du pouvoir pathogène des souches de E. coli et d’étudier l’émergence de nouveaux pathogroupes. Pour mener à bien ses activités, l’unité dispose d’un laboratoire de microbiologie P3 (dédié à la culture des E. coli producteurs de Shiga-toxine ou STEC) et diverses plateformes de qPCR (PCR en temps réel) haut débit et de séquençage de nouvelle génération (NGS).

Elle s’attache à :

• développer un schéma de sérotypage moléculaire complet, pour caractériser par PCR haut débit et/ou séquençage du génome entier (WGS) les souches de E. coli ;
• analyser le « mobilome » (ensemble des éléments génétiques mobiles) et le « virulome » (ensemble des gènes contribuant à l’établissement du pouvoir pathogène), chez les E. coli pathogènes et identifier les biomarqueurs d’intérêt pour le diagnostic ou l’épidémiologie ;
• caractériser la diversité génétique des E. coli pathogènes, par la mise en œuvre des techniques de séquençage du génome entier ou core genome MultiLocus Sequencing Typing (Wg-MLST et Cg-MLST) ou l’étude des locus CRISPR ;
• étudier la diversité génétique des phages stx chez les STEC et autres pathogroupes hybrides ;
• étudier les gènes marqueurs de résistance aux antibiotiques chez E. coli ;
• étudier à l’aide de la métagénomique les facteurs d’hôtes et le microbiome des environnements dans lesquels persistent les E. coli pathogènes.