La faune sauvage, réservoir de pathogènes

En abritant une grande diversité d’espèces animales, les milieux naturels sont un réservoir de micro-organismes dont certains pathogènes avec lesquels les animaux domestiques et l’être humain ne sont pas habituellement en contact. Les transmissions peuvent survenir lorsque ces derniers entrent en contact direct ou indirect avec la faune sauvage. Ces contaminations représentent d’importantes problématiques à la fois économiques, comme le montrent les épidémies d’influenza aviaire dont le contrôle nécessite parfois l’abattage massif de volailles domestiques, et de santé publique, avec le risque d’émergence de nouvelles maladies pour l’humain, à l’image de la pandémie de la Covid-19.

Toutes les transmissions n’aboutissent pas à l’émergence d’une maladie

Les cas de transmission d’un pathogène d’un animal sauvage à un animal domestique sont fréquents. Ce n’est que si le pathogène s’adapte à ce nouvel hôte et se propage entre les individus de la nouvelle espèce contaminée que l’on parle d’émergence d’une maladie, ou de réémergence si la maladie réapparait dans un territoire d’où elle avait été éliminée. Certaines de ces maladies émergentes ou ré-émergentes ne concernent que les animaux, c’est par exemple le cas de la peste porcine africaine. D’autres, comme l’encéphalite à tiques ou la rage, peuvent se transmettre à l’Homme, ce sont donc des zoonoses.

Les perturbations des écosystèmes, un facteur de risque de transmission

Les endroits où l’on trouve le plus de biodiversité sont aussi ceux où la diversité des pathogènes est la plus importante. Les perturbations de l’environnement sont souvent à l’origine d’émergence de maladies, en permettant des contacts entre des espèces qui n’avaient pas l’habitude de se côtoyer.

L’exemple du virus Nipah, en Asie du Sud-Est est emblématique : ce virus de la même famille que celui de la rougeole a été transmis par des chauves-souris frugivores au porc, qui l’a ensuite transmis à l’homme. Ces mammifères volants avaient trouvé refuge dans des élevages porcins suite à des incendies colossaux ayant détruit la forêt tropicale malaisienne dans un contexte de changement climatique. Le virus Nipah a un taux de mortalité pouvant dépasser 40 % chez l’homme. L’épidémie a pu être contenue grâce à l’abattage de pratiquement un million de cochons.

Plus près de chez nous, l’aménagement de trames vertes pour faciliter la circulation des animaux sauvages peut augmenter le risque de transmission de maladies, comme l’encéphalite à tiques ou la maladie de Lyme, transmises par des tiques. Dans d’autres conditions, la biodiversité peut au contraire avoir un effet tampon, en permettant la dilution des pathogènes. Certaines espèces ne sont pas aussi compétentes que d’autres pour permettre la réplication du pathogène, elles constituent donc des cul-de-sac. Le pathogène se transmettra moins que si la communauté d’espèces n’était constituée que de quelques espèces sensibles. Ainsi, pour les systèmes où cet effet de dilution joue, plus la diversité des espèces est importante, moins l’être humain ou les animaux domestiques ont de risque de rencontrer une espèce contaminante. 

L’un des laboratoire de l’Anses est spécialisé dans la faune sauvage, les autres laboratoires de l’Agence travaillant sur les maladies animales s’intéressent également aux risques de transmission des maladies entre les animaux sauvages et les animaux domestiques, ou entre des animaux domestiques et l’humain. 

Comprendre comment les pathogènes se transmettent entre la faune sauvage, les animaux domestiques et l’être humain

Un des volets des travaux de l’Anses vise à comprendre l’origine des maladies apparaissant dans les élevages et le risque de transmission lorsqu’une nouvelle maladie est détectée dans la faune sauvage. Cette activité peut s’effectuer en partenariat avec le réseau Sagir, coordonné par l’Office français de la biodiversité, qui est en charge de la surveillance de la mortalité des espèces sauvages. Ainsi, en cas de mortalité anormale, les laboratoires de l’Anses pourront participer à des enquêtes sur ces évènements.

Les laboratoires de l’Anses effectuent des recherches, pour comprendre comment les pathogènes évoluent et quels facteurs leur permettent ou non de passer d’une espèce à l’autre. Ces travaux sont notamment faits sur les coronavirus, le virus de l’influenza, et divers agents zoonotiques bactériens, comme l’agent de la tuberculose bovine et certains parasites.

Développer des moyens de lutte

Le laboratoire de la Rage et de la faune sauvage a notamment contribué au développement des appâts vaccinaux contre la rage. Ce vaccin a permis d’éradiquer la rage chez les renards en France. D’autres moyens de lutte sont en cours de développement, comme un vaccin contre la tuberculose bovine pour les blaireaux. Autre exemple, le laboratoire de santé animale de Maisons-Alfort développe des moyens de lutte contre les tiques, vecteurs de maladies pouvant être transmises de la faune sauvage à l’Homme et a des approches globales pour identifier des agents pathogènes transmis par les tiques et moustiques. Il développe des outils de caractérisation du pouvoir pathogène de différentes bactéries et parasites transmis par la faune sauvage à l’Homme.

Connaître les facteurs de risques pour aider à élaborer des mesures de gestion

Comprendre comment une maladie se transmet, quelle est son étendue géographique, quelles sont les espèces porteuses du pathogène et celles qui sont le plus susceptibles de le transmettre, les conditions les plus favorables aux contaminations et les pratiques à risques… La connaissance de ces différents facteurs alimente l’élaboration de recommandations afin de limiter les risques de transmission à d’autres animaux ou à l’être humain et gérer les épizooties, c’est-à-dire des épidémies  animales. L’Anses rend ainsi régulièrement des avis sur les risques de transmission de pathogènes des espèces sauvages aux animaux domestiques, par exemple sur l’influenza aviaire ou la tuberculose bovine.

Améliorer la surveillance et le diagnostic

Les laboratoires de l’Anses sont titulaires de nombreux mandats de référence nationaux, européens et internationaux sur des maladies susceptibles d’être transmissibles par ou à la faune sauvage : tuberculose bovine, peste porcine africaine, rage, influenza aviaire et porcine, fièvre aphteuse…. Ainsi, ils améliorent les méthodes de détection de ces pathogènes et organisent des sessions de formation à destination des laboratoires agréés pour la surveillance de ces maladies chez l’animal. Ils sont ainsi garants de la fiabilité des analyses effectuées.