Remonter à l’origine des contaminations par la bactérie de la tuberculose bovine

Même si la France est officiellement indemne de tuberculose bovine depuis 2001 (moins de 0,1 % des troupeaux de bovins est infecté par la maladie), des cas sont régulièrement déclarés, principalement dans le Sud-Ouest. Les infections peuvent conduire à l’abattage de tous les animaux d’un élevage, afin d’endiguer la propagation de la maladie. La plupart des contaminations se font de bovins à bovins, mais la faune sauvage, notamment les blaireaux et les sangliers, peut également servir de relai. Quel est exactement le rôle de la faune sauvage dans la transmission ? Pour le savoir, des scientifiques de l’unité Épidémiologie et du Laboratoire national de référence pour la tuberculose bovine, au sein du laboratoire de Santé animale de l’Anses, ont entrepris de retracer la dynamique de transmission de Mycobacterium bovis, la bactérie à l’origine de la maladie. Les premiers résultats sont parus dans la revue Veterinary Research.

Un outil à remonter le temps

Pour débuter, l’équipe a étudié des souches de bactéries prélevées dans les Landes et les Pyrénées-Atlantiques sur 146 bovins et 21 blaireaux entre 2002 et 2017. En déterminant la proximité génétique de ces souches, ils ont reconstitué un arbre phylogénétique, sorte d’arbre généalogique inversé, retraçant l’évolution de la bactérie. Ceci leur a permis d’estimer la probabilité que les ancêtres des souches de bactérie aient circulé chez les blaireaux ou les bovins: « Si deux bactéries avec des séquences proches sont isolées chez des bovins, il y a une forte probabilité que leur ancêtre commun ait également circulé chez un bovin, de même pour les blaireaux », explique Laetitia Canini, épidémiologiste et co-autrice de l’étude.

Cette reconstitution de la dynamique de transmission a montré qu’au cours de l’évolution des souches étudiées, il y avait 52 fois plus de risque qu’un blaireau contamine un bovin que l’inverse. Une fois que la bactérie avait été transmise à un bovin par un blaireau, sa diffusion s’est amplifiée par des transmissions entre bovins.

Identification de l’ancêtre commun de la bactérie

Les scientifiques ont également déterminé que les souches de bactéries qu’ils ont étudiées sont probablement toutes issues d’une même bactérie portée par un blaireau dans les années 80. « Le système de contrôle de la tuberculose bovine a été mis en place dans les années 60 chez les bovins. À partir de cette période, la prévalence de la maladie a très fortement diminué chez les bovins. Il est possible que la bactérie ait continué à circuler chez les blaireaux dans certaines zones, à l’époque il n’y avait pas encore de surveillance de la faune sauvage. », rappelle la scientifique.

Il est désormais prévu d’affiner les résultats, en incluant des données d’autres régions et des prélèvements sur des sangliers. C’est l’objectif de la thèse d’Hélène Duault : « Nous allons retracer plus finement les transmissions, jusqu’à déterminer « qui transmet à qui » c’est-à-dire quel groupe d’individus (élevage ou groupe social) au sein d’une espèce a transmis la bactérie », précise-t-elle. Il sera ainsi par exemple possible de déterminer si des animaux sauvages ont servi d’intermédiaire pour transmettre la bactérie entre deux élevages éloignés géographiquement. Les résultats permettront de mieux adapter et cibler les mesures de surveillance et de prévention de la tuberculose bovine mises en place.