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Listérioses : une méthode plus rapide et économique pour enquêter sur leur origine
Un test PCR permettant d’identifier rapidement et pour un faible coût les souches de Listeria monocytogenes à l’origine d’infections d’origine alimentaire a été développé par l’Anses, en collaboration avec des laboratoires en charge de la sécurité sanitaire des aliments de plusieurs pays européens. Ce test a déjà été utilisé dans plusieurs pays pour investiguer l’origine de cas humains de listériose.
Bien que les contaminations soient rares, la listériose est la deuxième cause de décès d’origine alimentaire en France. Cette infection est provoquée par la bactérie Listeria monocytogenes, qui peut être présente dans l’environnement et dans de nombreux aliments, notamment la charcuterie cuite, les fromages et les poissons fumés. Les personnes les plus sensibles sont celles immunodéprimées ou âgées et les femmes enceintes. Ces dernières peuvent être victimes de fausses couches. La présence de Listeria monocytogenes dans une usine de production agro-alimentaire peut provoquer des cas d’intoxications sur plusieurs années si la contamination n’est pas traitée. Il est donc important de remonter à l’origine des intoxications.
L’Anses est le laboratoire de référence européen pour Listeria monocytogenes. Après plusieurs années de recherche, elle a développé un test PCR permettant d’identifier le groupe génétique auquel appartient une souche de Listeria monocytogenes en moins d’un jour et pour moins de 10 €. Ceci constitue une avancée par rapport à la méthode utilisée habituellement, le MultiLocus Sequencing Typing (MLST), qui nécessite trois à cinq jours d’analyse et 150 € par souche analysée.
Identifier les 30 groupes de souches les plus courants
« Le test que nous avons développé permet d’identifier les 30 groupes génétiques de Listeria monocytogenes, appelés complexes clonaux, les plus couramment trouvés dans l’alimentation en Europe. » explique Benjamin Félix, chargé de projet au sein du laboratoire de sécurité des aliments de l’Anses. « Notre méthode est très utile pour les pays qui n’ont pas les moyens financiers de faire des séquençages de génomes complets en routine ou lorsqu’il faut analyser un grand nombre d’échantillons car elle permet de faire un premier tri rapide. »
Le test repose sur la détection de séquences d’ADN caractéristiques de chaque groupe de souches. La nouvelle méthode a fait l’objet d’une publication dans la revue Microbiology Spectrum en mai dernier. En plus du laboratoire de sécurité des aliments de l’Anses, les laboratoires nationaux de référence pour Listeria monocytogenes italiens, hongrois et néerlandais ainsi que plusieurs instituts techniques agroalimentaires français ont contribué à ce développement. Le laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort de l’Anses a également contribué aux analyses bio-informatiques.
Un exemple d’utilisation : des produits à base de poissons responsables de listérioses aux Pays-Bas
Des laboratoires de référence de plusieurs pays européens ont déjà été formés à cette nouvelle méthode, ce qui permet de constater son utilité en situation réelle. Par exemple, l’autorité néerlandaise de sécurité alimentaire a utilisé le test pour déterminer l’origine de cas de listériose rapportés depuis plusieurs années. Deux producteurs de produits à base de poissons étaient soupçonnés d’être à l’origine des contaminations. Des échantillons ont été prélevés dans les points des usines les plus à risque d’être contaminés, comme les machines à découper, des plateaux ou les tapis roulants. Grace à la rapidité et au faible coût du test PCR, 200 analyses ont pu être réalisées, pour sélectionner six souches qui ont été séquencées en priorité, ce qui a permis d’identifier l’usine à l’origine des contaminations.